1. Skelet: Koščene ribe imajo okostje iz kosti, hrustančne ribe pa imajo okostje iz hrustanca. Hrustanec je prožno, nemineralizirano vezno tkivo, kost pa trdo, mineralizirano tkivo.
2. Lestvice: Koščene ribe imajo luske, ki so narejene iz kosti ali spremenjene kosti, medtem ko hrustančne ribe imajo luske, ki so izdelane iz materiala, imenovanega placoid. Plačnice so majhne, zobne strukture, ki so vgrajene v kožo.
3. Plavuti: Koščene ribe imajo plavuti, ki jih podpirajo koščeni žarki, medtem ko imajo hrustančni ribe plavuti, ki jih podpirajo hrustančni žarki.
4. Gills: Koščene ribe imajo škrge, ki jih pokriva koščena operkulum, medtem ko imajo hrustančni ribe škrge, ki jih ne pokriva operkulum.
5. Zobje: Koščene ribe imajo zobe, ki se nahajajo v čeljusti, medtem ko imajo hrustančne ribe zobe, ki se nahajajo na čeljustih in lokih škrlat.
6. Oči: Koščene ribe imajo oči, ki se nahajajo na straneh glave, medtem ko imajo hrustančne ribe oči, ki se nahajajo na vrhu glave.
7. Nosnica: Koščene ribe imajo dve nosnici, medtem ko imajo hrustančne ribe eno nosnico.
8. Spirale: Koščene ribe nimajo spirac, medtem ko imajo hrustančne ribe spirale, ki so majhne odprtine na vrhu glave, ki omogočajo, da voda teče v njihove škrge.
9. Kaudalna plavuta (Tailfin): Koščene ribe imajo kaudalno plavuti, ki je simetrična, kar pomeni, da je na obeh straneh enaka oblika, medtem ko imajo hrustančne ribe kaudalno plavuti, ki je asimetrična, kar pomeni, da gre za različne oblike na obeh straneh.