Tu so glavne plasti globokega jezera:
1. Epilimnion:To je zgornja, najtoplejša plast jezera. Je dobro osvetljen in vsebuje veliko količino kisika. Tu se zgodi večina fotosintetskih dejavnosti, Plankton in drugi organizmi pa uspevajo.
2.. Metamimnion:To je plast hitro zniževanja temperature, ki ločuje epilicijo od hipolimniona. Znana je tudi kot termoklina. Ta plast je lahko debela nekaj metrov in deluje kot ovira med zgornjo in spodnjo plastjo jezera, kar zavira mešanje.
3. Hypolimnion:To je globoka, hladna, spodnja plast jezera. Je slabo osvetljen in vsebuje zelo malo kisika. Voda v hipolimnionu je gostejša in se ne meša zlahka z zgornjimi plastmi. Ta plast je lahko na stotine metrov globoko v velikih jezerih.
4. Profundal cona:Najgloblji del jezera se imenuje profdalna cona. Zanj so značilne hladne temperature, nizka raven kisika in omejena vidljivost. Organizmi, ki živijo v tej coni, so prilagojeni tem težkim pogojem.
Medtem ko globoka jezera nimajo popolnoma enakih con kot morski biome, imajo izrazito plast in spreminjanje temperature, prodora svetlobe in ravni kisika, kar povzroča različne ekološke niše in skupnosti organizmov.