- Sladkovoda: Jezera, reke, potoki in ribnike.
- Brakična voda: Estuaries, kjer mešanica slane vode in sladke vode.
- Slana voda: Oceani, morja in koralni grebeni.
Koščene ribe so se prilagodile živeti v številnih okoljskih razmerah, vključno z različnimi temperaturami vode, ravni pH in ravni slanosti. Najdemo jih lahko v plitvih in globokih vodah, nekatere vrste pa živijo v jamah ali podzemnih rekah.