Na splošno lahko ribe prenašajo nizke koncentracije ocetne kisline za kratek čas. Vendar lahko dolgotrajna izpostavljenost ali izpostavljenost višjim koncentracijam povzroči znatno škodo. Toksičnost ocetne kisline za ribe se razlikuje tudi glede na vrsto. Nekatere ribe so bolj občutljive na zakikanje kot druge.
Ocetna kislina lahko vpliva tudi na kakovost vode v rezervoarju za ribe ali ribniku, še posebej, če se doda v velikih količinah. Lahko zniža pH vode, zaradi česar je bolj kisla. To je lahko škodljivo za ribe in druge vodne organizme, saj so prilagojeni določenemu območju pH.
Zato je bistvenega pomena biti previden pri uporabi ocetne kisline v akvarijih ali ribnikih. Uporabiti ga je treba le v majhnih količinah in za posebne namene, na primer razkuževanje akvarijske opreme ali zdravljenje določenih bolezni. Prekomerna uporaba ali nepravilna uporaba ocetne kisline lahko privede do škodljivih učinkov na ribe in drugo vodno življenje.