1. Izguba energije: Ko gre energija po prehranjevalni verigi navzgor, se je nekaj izgubi kot toplota. To pomeni, da je za organizme na višjih trofičnih ravneh na voljo manj energije. Posledično je na vsaki naslednji trofični ravni manj organizmov in prehranjevalna veriga postane krajša.
2. Konkurenca: Organizmi na vsaki trofični ravni tekmujejo med seboj za vire, kot sta hrana in prostor. To tekmovanje lahko omeji število organizmov, ki lahko preživijo na vsaki trofični ravni, in lahko vodi tudi do izumrtja nekaterih vrst.
3. Plenjenje: Organizmi na višjih trofičnih ravneh so pogosto plen organizmov na nižjih trofičnih ravneh. To lahko omeji število organizmov, ki lahko dosežejo višje trofične ravni, in lahko povzroči tudi izumrtje nekaterih vrst.
4. Okoljski dejavniki: Okoljski dejavniki, kot so podnebne spremembe, onesnaženje in uničevanje habitata, lahko vplivajo na dolžino prehranjevalnih verig. Ti dejavniki lahko zmotijo pretok energije in hranil skozi prehranjevalne verige in lahko povzročijo izumrtje nekaterih vrst.
Zaradi teh dejavnikov so prehranjevalne verige običajno kratke, z le nekaj trofičnimi ravnmi. To pomeni, da je na vrhu prehranjevalne verige relativno malo organizmov in da so ti organizmi pogosto izpostavljeni izumrtju.