Netopirji imajo visoko presnovno hitrost in potrebujejo veliko kisika, da napajajo svoj let. Dihajo hitreje kot drugi sesalci, njihova pljuča pa so večja sorazmerno s telesno velikostjo. Netopirji imajo tudi posebno prilagoditev, imenovano "nosni ventil", ki jim pomaga, da med letom uravnavajo svoj pretok zraka.
Ko netopir vdiha, zrak vstopi skozi nosnice in gre skozi nosni ventil. Nosni ventil pomaga nadzorovati količino zraka, ki vstopi v pljuča, poleg tega pa preprečuje, da bi zrak med letom tekel iz nosu.
Zrak nato potuje po sapniku in v pljuča. Pljuča so obložena z alveoli, ki so drobne zračne vrečke, kjer poteka izmenjava plina. Kisik iz zraka se razprši v krvni obtok, ogljikov dioksid pa se razprši iz krvnega obtoka v zrak.
Zrak nato izstopi iz pljuč in gre skozi sapnik in iz nosnice.
Netopirji lahko dihajo med letenjem zaradi svojih močnih pljuč in učinkovitega dihalnega sistema. Lahko ohranijo visoko stopnjo porabe kisika tudi med dolgimi in napornimi leti.