1. Izguba habitata: Tonganski kuščar pretežno naseljuje avtohtone gozdne ekosisteme znotraj 'Eua in Tongatapu. Na žalost so bili ti gozdni habitati v veliki meri izkrčeni za kmetijstvo, sečnjo in človeška naselja. Izguba primernih habitatov je znatno zmanjšala obseg in velikost populacije kuščarjev.
2. Plenjenje invazivnih vrst: Invazivne vrste, kot so divje mačke, podgane in mungosi, so bile vnesene na otoke Tonga in resno ogrožajo tonganskega kuščarja. Ti invazivni plenilci imajo visoko stopnjo razmnoževanja in so zelo učinkoviti pri lovu in uživanju kuščarjev, kar vodi do upada populacije.
3. Podnebne spremembe: Tonga je tako kot drugi pacifiški otoki zelo občutljiva na podnebne spremembe in dvig morske gladine. Spremembe v vzorcih temperature in padavin vplivajo na kuščarjev habitat in vire hrane. Dvigovanje morske gladine lahko poplavi tudi nizko ležeče obalne habitate, kar dodatno zmanjša doseg kuščarja.
4. Omejen obseg: Tonganski kuščar je geografsko omejen na dva majhna otoka v Tongi, zaradi česar je ranljiv za genetske težave, kot sta parjenje v sorodstvu in pomanjkanje genetske raznolikosti. Ozka porazdelitev prav tako poveča dovzetnost za lokalne grožnje, kot je izguba habitata ali en sam katastrofalen dogodek, ki bi lahko izbrisal velik del populacije.
5. Lov in izkoriščanje: Lokalni prebivalci tonganskega kuščarja lovijo za hrano in tradicionalno medicino, kar je prispevalo k upadanju populacije. V nekaterih primerih so kuščarja ujeli tudi za trgovino s hišnimi ljubljenčki, kar je še dodatno zmanjšalo njegovo število.
Kombinacija izgube habitata, invazivnih vrst, podnebnih sprememb, omejenega območja in lova je povzročila hud upad populacije tonganskega kuščarja. Prizadevanja za ohranjanje, kot so obnova habitatov, nadzor nad plenilci, ozaveščanje javnosti in programi vzreje v ujetništvu, so ključnega pomena za ohranitev preostalih populacij te kritično ogrožene vrste.