1. Prebavna simbioza: Določeni flagelati prebivajo v prebavnih sistemih živali, kot so termiti in ščurki, ki jedo lese, in pomagajo razbiti in uporabiti celulozo, kompleksen sladkor, ki ga veliko živali ne morejo prebaviti sami. Ti flagelati pomagajo svojim gostiteljem pri pridobivanju hranil iz rastlinskega materiala, kar jim omogoča, da uspevajo na dieti, ki je sestavljena predvsem iz lesa ali drugih snovi, bogatih s celulozo.
2. izmenjava hranil: Nekateri flagelati, kot so tisti, ki jih najdemo v črevesju nekaterih morskih nevretenčarjev, se ukvarjajo s simbiozo izmenjave hranil. Za domačim zagotavljajo bistvena hranila, kot so vitamini in aminokisline, ki bi jih živali težko pridobile samo iz svojega okolja. V zameno flagelate prejmejo zaščito in dostop do hranil, ki so prisotna v gostiteljskem prebavnem sistemu.
3. Bio-luminescentna simbioza: Nekatere morske živali, na primer nekatere meduze in globokomorske ribe, imajo bio-luminiscentne flagelati, ki živijo v svojih tkivih. Ti flagelati proizvajajo svetlobo z biokemičnimi reakcijami in živali uporabljajo to luč za različne namene, vključno z privabljanjem plena, odvračanje plenilcev ali komunikacijo z drugimi člani njihovih vrst.
4. Pomoč za razmnoževanje: Nekateri flagelati pomagajo svojim gostiteljem pri razmnoževanju. Na primer, nekatere vrste mravelj in termitov imajo simbiotske flagelate, ki jim pomagajo pri proizvodnji več reproduktiv (Queens in Kings). Ti flagelati manipulirajo s razvojnimi potmi gostitelja in zagotavljajo preživetje in širjenje gostiteljske kolonije.
Omeniti velja, da niso vse interakcije, ki vključujejo flagelate in živali, koristne. Nekateri flagelati lahko resnično povzročijo škodo kot paraziti, kar vodi do bolezni in škodljivih učinkov na njihove gostitelje. Vendar pa se mnogi flagelate vključijo tudi v vitalne medsebojne odnose, ki prispevajo k splošnemu zdravju, preživetju in ekološkemu uspehu tako flagelata kot živali, s katerimi živijo.