- Alpska volnata podgana zavzema poseben tip habitata, to so alpski in subalpski gozdovi. Ti habitati hitro izginjajo zaradi različnih dejavnikov, kot sta krčenje gozdov in podnebne spremembe.
Uvedba tujerodnih plenilcev
- Naselitev tujerodnih plenilcev, kot so divje mačke, psi in podlasice, je povzročila velik pritisk na prebivalstvo.
Bolezen
- Podgane so zelo dovzetne za bolezni in vnos novih bolezni se lahko hitro razširi po populaciji, kar povzroči upad populacije.
Lov
- Alpsko volnato podgano lovijo zaradi krzna in mesa, kar dodatno zmanjšuje njeno populacijo.