Rastlinska snov:
* Semena: To so glavni vir hrane, zlasti trave, puščavske divjine in kaktusi.
* Plodovi: Ko bodo na voljo, bodo jedli zrele sadje.
* listi: Na listih bodo grizljali, zlasti v času pomanjkanja.
* korenine in gomolje: Kopajo za te podzemne vire vlage in prehrane.
Živalska snov:
* Žuželke: Znano je, da lovijo žuželke, zlasti hrošči, kobilice in mravlje.
* Majhni nevretenčarji: Zaužili bodo pajke, škorpijone in druge majhne nevretenčarje.
* Ptična jajca: Če se pojavi priložnost, bodo plenili na ptičjih jajc.
* Corrion: Za prehrano se lahko odpravijo na mrtve živali.
Drugi viri hrane:
* Glive: Nekatere puščavske miši bodo jedle gobe in druge glive.
* Človeški ostanki hrane: Lahko se odpravijo v bližini človeških naselij zaradi zavržene hrane.
Specifična prehrana puščavske miške se lahko močno razlikuje glede na njegovo lokacijo, letni čas in razpoložljivost virov hrane.