1. pristranskost ohranjanja:postopek fosilizacije je redek in zahteva zelo specifične pogoje. Večina živali se hitro razgradi zaradi čiščenja, mikrobne aktivnosti ali izpostavljenosti elementom, pri čemer ne pušča sledi za seboj. Da se organizem fosilizira, ga je treba hitro pokopavati in zaščititi pred razpadom, kar se redko zgodi.
2. Mehka tkiva:Večina živali ima mehka telesa, ki so bolj nagnjena k razpadu kot trda tkiva, kot so zobje in kosti. Mehki telesni organizmi, kot so žuželke, črvi in meduze, je manj verjetno, da se ohranijo kot fosili v primerjavi z živalmi s trdimi strukturami.
3. Geološki procesi:fosili se tvorijo skozi geološke procese, ki se pojavljajo v milijonih let. Ti procesi vključujejo pokop pod usedlinami, stiskanjem in kemičnimi spremembami. Številna območja zemeljske površine so podvržena eroziji, tektonski aktivnosti in drugih geoloških dogodkih, ki lahko uničijo ali spremenijo fosile.
4. Okoljski dejavniki:okolje ima ključno vlogo pri fosilizaciji. Nekatera okolja, kot so zelo kisla ali alkalna tla, lahko raztopijo ali razpadajo kosti in lupine, kar zmanjša možnosti za ohranitev. Poleg tega okolja, ki doživljajo izjemne temperaturne spremembe ali nihanja ravni vode, morda ne bodo pripomogla k tvorbi fosilov.
5. Konkurenca za prostor:Fosile pogosto najdemo v sedimentnih kamninah, ki nastanejo v starodavnih okoljih, kot so rečne delte, jezera in oceani. Ta okolja so se ukvarjala z življenjem, ostanki več organizmov pa so tekmovali za prostor in ohranjanje. Le majhen del teh organizmov bi sčasoma postal fosiliziran.
Kljub izzivom fosilni zapis ponuja dragocen vpogled v zgodovino življenja na Zemlji. Fosili izumrlih vrst omogočajo znanstvenikom, da preučujejo starodavne ekosisteme, evolucijske odnose in paleoklime, ki prispevajo k našemu razumevanju dinamične narave biotske raznovrstnosti in zgodovine planeta.