Razgradnja :Ko organizem umre, njegovo telo hitro razgradijo mikroorganizmi, kot so bakterije in glive. Ta proces razgrajuje organske snovi in pusti malo možnosti za ohranitev celotnega organizma.
Tafonomija :Tafonomija se nanaša na procese, ki vplivajo na organizem, potem ko umre in postane fosil. Ti procesi vključujejo čiščenje, transport z vodo ali vetrom in izpostavljenost elementom, kot sta sončna svetloba in dež. Ti dejavniki lahko razpršijo ali poškodujejo ostanke organizma, zaradi česar je malo verjetno, da bo celotno telo ohranjeno skupaj.
Pogoji hrambe :Za ohranitev fosilov so potrebni določeni pogoji, vključno s hitrim zakopavanjem, da se prepreči razpadanje, pravo vrsto sedimenta za zaščito ostankov in odsotnost uničujočih geoloških procesov, kot je erozija. Ti pogoji se redko pojavljajo skupaj, zaradi česar je ohranjanje celih organizmov izziv.
Čas in geološki procesi :Velika večina fosilov, ki nastanejo, je sčasoma uničena ali spremenjena v geološkem času. Dinamični procesi na Zemlji, kot so nastajanje gora, vulkanska aktivnost in erozija, lahko deformirajo, zlomijo ali erodirajo kamnine, ki vsebujejo fosile, kar dodatno zmanjša možnosti za iskanje popolnih fosilov.
Redkost :V nekaterih primerih je bila prvotna populacija vrste lahko majhna in lokalizirana ali pa so le nekateri posamezniki živeli v okolju, ki je ugodno za fosilizacijo. Zaradi te redkosti je lahko težko najti več primerkov, kaj šele celih organizmov.
Zaradi teh dejavnikov je večina fosilov fragmentarnih in predstavlja le dele organizmov, kot so kosti, zobje, školjke ali listi. Zaradi redkega pojava celih živalskih in rastlinskih fosilov so ti izjemno dragoceni za paleontološke raziskave in razumevanje starodavnih ekosistemov.