- Bakterije:prokariontske celice, nimajo z membrano vezanih organelov in jedra.
- Protisti:evkariontske celice imajo z membrano vezane organele in pravo jedro.
2) Velikost:
- Bakterije:običajno so velike od 0,1 do 5 mikrometrov (µm).
- Protisti:večji od bakterij, veliki od nekaj mikrometrov do več kot milimetra.
3) Genetski material:
- Bakterije:enojni krožni kromosom, ki se nahaja v nukleoidni regiji.
- Protisti:Več linearnih kromosomov, zaprtih v ločenem jedru.
4) Gibanje:
- Bakterije:Nekatere bakterije imajo bičke ali pile, ki jim omogočajo gibanje, druge pa so negibljive.
- Protisti:Protisti kažejo širšo paleto gibanja, vključno z bički, cilijami ali psevdopodiji za gibanje.
5) Prehrana:
- Bakterije:različne prehranjevalne strategije, vključno z avtotrofi, heterotrofi in paraziti.
- Protisti:predvsem heterotrofni, za prehrano jedo druge organizme, nekateri pa so avtotrofni ali miksotrofni (združujejo avtotrofnost in heterotrofnost).