Konflikt noči John je osredotočen na zatiralsko družbeno in rasno dinamiko v obdobju Jim Crow Era South, kjer so se Afroameričani soočali s hudo diskriminacijo, segregacijo in omejenim dostopom do izobraževanja in priložnosti. V romanu je poudarjena boja zasužnjenih ljudi in dolžine, ki so jih šli, da bi pridobili znanje in opismenjevanje v svetu, ki si je prizadeval, da bi jih ostali nevedni.
Primarni konflikt se vrti okoli glavnega junaka, John, ki na skrivaj uči druge zasužnjene ljudi, da ponoči berejo in pišejo, in kljubuje zakonom, ki prepovedujejo izobraževanje za Afroameričane. To dejanje odpora proti zatiralskemu sistemu ogroža Johna in njegovih študentov, saj bi lahko vsako odkritje povzročilo hudo kazen, vključno z pretepi ali celo smrtjo.
Novela raziskuje tudi notranje konflikte likov, ko krmarijo o svoji želji po svobodi, enakosti in samoizražanju med sistemskim zatiranjem. Janezovo lastno pot zaznamuje preobrazba iz strahu in samo dvoma v pogum in odločnost, ko postane svetilnik upanja za svoje zasužnjene ljudi.
Poleg tega se konflikt razširi na belo skupnost, ki jo predstavljajo liki, kot je lastnik nasada, gospod Waller, ki so odločeni ohraniti status quo in uveljaviti svojo moč nad zasužnjenim prebivalstvom. Odpor na izobraževanje za Afroameričane je videti kot sredstvo za ohranjanje nadzora in preprečevanje kakršnih koli motenj obstoječega družbenega reda.
Navsezadnje noč John predstavlja močan prikaz boja za državljanske pravice, ki poudarja človeško željo po znanju in odpornosti človeškega duha pred zatiranjem.