Netopirji naseljujejo osupljivo raznolikost okolij po vsem svetu, kar kaže na njihovo izjemno prilagodljivost. Njihovi habitati segajo od bujnih, vlažnih deževnih gozdov Južne Amerike do sušnih puščavskih pokrajin Avstralije in zmernih gozdov Severne Amerike. Netopirje lahko najdete tudi v jamah in podzemnih zborih, ki jim ponujajo svetišče plenilcev in elementov. Nekatere vrste raje prebivajo v mestnih okoljih, vključno z kotički in ročaji stavb in mostov. Z izjemo ekstremnih polarnih regij je netopirji mogoče najti na vseh celinah, ki uspevajo v raznolikih podnebjih in ekosistemih. Njihova sposobnost krmarjenja po različnih habitatih z njihovimi zmogljivostmi eholokacije jim omogoča, da izkoristijo obilne vire hrane ter uspešno rodijo in vzgajajo mlade.