Bolezen: Črnonogi dihur je dovzeten za več bolezni, vključno s silvatično kugo, pasjo kugo in tularemijo. Te bolezni se lahko hitro razširijo po kolonijah prerijskih psov in zdesetkajo populacijo črnonogih dihurjev.
Pajenje v sorodstvu: Črnonogi dihur ima majhno populacijo, zaradi česar je bolj dovzeten za učinke parjenja v sorodstvu. Parjenje v sorodstvu lahko privede do izgube genetske raznolikosti, zaradi česar je lahko populacija bolj ranljiva za bolezni in druge nevarnosti.
Plenjenje: Črnonogi dihurji so plen različnih plenilcev, vključno s kojoti, jastrebi in sovami. Ker se je populacija črnonogega dihurja zmanjšala, se je zmanjšalo tudi število plenilcev, ki so od njih odvisni kot hrana. To lahko povzroči povečanje populacije plenilcev, kar lahko dodatno ogrozi črnonoge dihurje.
Podnebne spremembe: Predvideva se, da bodo podnebne spremembe pomembno vplivale na črnonogega dihurja in njegov življenjski prostor. S segrevanjem podnebja se pričakuje upad kolonij prerijskih psov, kar bo zmanjšalo količino zatočišč, hrane in mest za razmnoževanje, ki so na voljo črnonogim dihurjem.