* Sladkovoda: Jezera, potoki, ribniki in celo luže so običajni domovi za zooflagelate.
* Slana voda: Prav tako naseljujejo morska okolja, kot so oceani in morja.
* tla: Zooflagelate je mogoče najti tudi v vlažnih tleh.
* Drugi organizmi: Nekateri zooflagelati živijo kot paraziti znotraj teles drugih organizmov, kot so živali in rastline.
Torej, zelo verjetno je našli zooflagelate, ki živijo v jezerih in potokih!