Izguba in razdrobljenost habitata :Jaguarji za preživetje potrebujejo obsežna ozemlja in raznolike habitate. Na žalost se njihovi naravni habitati hitro izgubljajo in razdrobljajo zaradi krčenja gozdov, širjenja kmetijstva, razvoja infrastrukture in rasti mest. To ne le zmanjša razpoložljiv prostor za pohajkovanje jaguarjev, ampak tudi moti njihove vzorce razmnoževanja, hranjenja in selitve.
Spor med človekom in divjadjo :Ko se človeška naselja širijo v habitate jaguarjev, pride do konfliktov, ko jaguarji plenijo živino. To lahko privede do maščevanja kmetov in rančerjev, kar ima za posledico ubijanje jaguarjev. Poleg tega lahko jaguarje ubijejo, če domnevno ogrožajo varnost ljudi ali se nanje gleda kot na nadlogo.
Podnebne spremembe :Učinki podnebnih sprememb, kot so spremenjeni vzorci padavin, naraščajoče temperature in večja pogostnost ekstremnih vremenskih pojavov, vplivajo na habitate jaguarjev in populacije plena. Te spremembe motijo ekosistem in jaguarjem otežujejo preživetje in uspešno razmnoževanje.
Omejena genetska raznolikost :Jaguarji imajo sorazmerno nizko genetsko raznolikost v primerjavi z drugimi vrstami velikih mačk. Zaradi tega so bolj ranljivi za vplive izgube habitata, lova in drugih dejavnikov, ki lahko motijo njihovo populacijo. Majhna genetska raznolikost lahko zmanjša sposobnost vrste, da se prilagodi okoljskim spremembam, in poveča tveganje za parjenje v sorodstvu.