Črnonogi dihurji lovijo tako, da poiščejo rove prerijskih psov in vstopijo v njih. S svojim izostrenim sluhom in vohom zaznavajo prisotnost prerijskih psov pod zemljo. Ko je v rovu, bo dihur poiskal in napadel svoj plen. So učinkoviti plenilci in lahko v enem samem lovu ubijejo več prerijskih psov.
Poleg prerijskih psov lahko črnonogi dihurji občasno uživajo tudi druge male sesalce, kot so veverice, miši in voluharji. Znano je tudi, da jedo ptice, žuželke in kuščarje, čeprav ti izdelki predstavljajo majhen del njihove prehrane.
Zaradi odvisnosti od prerijskih psov kot primarnega vira hrane so črnonogi dihurji visoko specializirani plenilci. Njihov status ohranjenosti je tesno povezan z razpoložljivostjo in številčnostjo kolonij prerijskih psov. Zmanjšanje populacije prerijskih psov zaradi izgube habitata, bolezni in prizadevanj za nadzor je pomembno vplivalo na populacijo črnonogih dihurjev in prispevalo k njihovemu ogroženemu statusu.