Genetska raznolikost: S kloniranjem nastanejo genetsko enaki posamezniki. Zaradi pomanjkanja genetske raznovrstnosti je lahko populacija bolj dovzetna za bolezni, okoljske spremembe in druge nevarnosti.
Vedenjski in ekološki vplivi: Klonirane živali morda nimajo naravnega vedenja, družbenih struktur in ekoloških interakcij, ki so se razvile skozi generacije evolucije. To lahko moti dinamiko ekosistema.
Konkurenca in uporaba virov: Uvedba kloniranih osebkov lahko poveča konkurenco za vire, kot so hrana, življenjski prostor in partnerji, kar vpliva na druge vrste.
Prenos bolezni: Klonirane živali lahko prenašajo bolezni ali genetske okvare, ki bi se lahko razširile na divje populacije.
Primernost habitata: Klonirane živali morda niso dobro prilagojene posebnim pogojem svojih naravnih habitatov, kar vodi do nizke stopnje preživetja.
Ekosistemska funkcija: Odsotnost ekoloških prispevkov kloniranih živali, kot so opraševanje, širjenje semen ali plenjenje, lahko spremeni delovanje ekosistema.
Pomanjkanje naravne selekcije: Kloniranje zaobide naravno selekcijo, ki izloči manj prilagojene posameznike. Posledica tega je lahko populacija, ki ni najbolj prilagojena okolju.
Nepredvidljivi dolgoročni učinki: Dolgoročne ekološke posledice kloniranja in vnosa genetsko enakih živali v ekosistem niso povsem razumljene.
Čeprav se kloniranje ogroženih vrst morda zdi obetavno orodje za ohranjanje, je treba k njemu pristopiti previdno in za oceno možnih tveganj in vplivov na ekosisteme je potrebna temeljita raziskava.