* Izguba habitata: Habitat čilskega flaminga ogroža človeške dejavnosti, kot so rudarstvo, kmetijstvo in razvoj mest.
* Lov: Čilejski flamingi lovijo za svoje meso, perje in jajca.
* Onesnaževanje: Onesnaževanje iz rudarjenja, kmetijstva in človeških odpadkov je tudi grožnja čilskemu flamingu.
* Podnebne spremembe: Podnebne spremembe so tudi velika grožnja čilskemu flamingu, saj se njihov habitat spremeni in postanejo manj primerne za njihovo preživetje.
Čilijski flamingo je ranljiva vrsta, njena populacija pa se zmanjšuje. Če se te grožnje ne obravnavajo, lahko čilski flamingo v prihodnosti izumrl.