Med plemensko sezono se mali Auki prehranjujejo predvsem z zooplanktonom, vključno s kopepodi, amfipodi in kril. Jedo tudi nekaj majhnih rib, na primer peščene koplje in druge nevretenčarje, kot so lignji in kozice.
Pozimi, ko je zooplankton manj obilen, mali Auks preklopi na prehrano, ki je večinoma sestavljena iz majhnih rib, kot so kapelin, pesek in sled. Jedo tudi nekaj nevretenčarjev, kot so lignji in kozice.
Mali Auks so oportunistični hranilniki in bodo izkoristili vse razpoložljive vir hrane. Znano je, da jedo žuželke, jagode in celo majhne sesalce.