Obstajata dve glavni vrsti bioloških mikroskopov:sestavljeni mikroskopi in disekcijski mikroskopi. Sestavljeni mikroskopi uporabljajo dve leči, lečo objektiva in lečo okularja, da povečajo sliko predmeta. Objektiv se nahaja na dnu mikroskopa in usmeri svetlobo na vzorec. Leča okularja se nahaja na vrhu mikroskopa in poveča sliko, ki jo ustvari leča objektiva. Mikroskopi za seciranje imajo samo eno lečo, lečo objektiva, in se uporabljajo za ogled večjih vzorcev, ki ne zahtevajo tolikšne povečave.
Biološki mikroskopi so lahko opremljeni z različnimi dodatki, kot so viri svetlobe, filtri in mize. Viri svetlobe zagotavljajo osvetlitev vzorca. S filtri lahko spremenite barvo ali intenzivnost svetlobe. Stopnice se uporabljajo za držanje vzorca na mestu.
Biološki mikroskopi so bistvena orodja za preučevanje mikroskopskega sveta. Raziskovalcem omogočajo podrobno opazovanje in analizo celic, tkiv in mikroorganizmov.