Koža plešastega orla je temno rjava in mastna, s plastjo perja, ki pomaga izolirati od mraza. Zunanja plast kože, imenovana povrhnjica, je sestavljena iz plasti mrtvih celic, ki se nenehno prelivajo in zamenjajo. Dermis ali srednja plast kože vsebuje krvne žile, živce in lasne mešičke. Najbolj notranja plast kože, podkožnega tkiva, je sestavljena iz maščobnih celic, ki pomagajo ohranjati orel ogreti.