- Colugo :Znan tudi kot leteči lemurji, ti sesalci drsijo po zraku s patagijem, membrano, ki se razteza med njihovimi okončinami. Filipinski orli ciljajo na Colugos kot glavni del njihove prehrane.
- Ogromna leteča veverica :Te velike veverice so arborealne, živijo v drevesih. Služijo kot še en vir hrane za filipinske orle.
- Filipinski makaque :Ta vrsta opice je domača na Filipinih in večino svojega časa preživi na drevesih, zaradi česar so ranljivi za plenjenje Filipinskih orlov.
- Drugi sesalci :Filipinski orli lahko občasno lovijo tudi podgane, netopirje in druge majhne sesalce, ki naseljujejo gozdove.
Omeniti velja, da so filipinski orli plenilci apex, kar pomeni, da so na vrhu prehranske verige in nimajo naravnih plenilcev. Njihova lovska spretnost in močni taloni jim omogočajo, da učinkovito ujamejo in ubijajo svoj plen, zaradi česar so ena najbolj močnih plenilskih ptic na svetu.