Izguba habitata in razdrobljenost:Puščavski Bandicoot je zelo odvisen od svojega specializiranega habitata Hummock travnikov in peščene države. Preoblikovanje teh habitatov v kmetijsko zemljišče, urbanizacijo in rudarske dejavnosti je privedlo do znatne izgube habitata in razdrobljenosti. Posledično je bilo močno prizadeto populacija puščavskih bandicoot.
Omejena porazdelitev:Puščavski Bandicoot ima razmeroma omejen geografski razpon v primerjavi z drugimi avstralskimi sesalci. Najdemo ga predvsem v sušnih regijah Zahodne Avstralije in na severnem ozemlju. Ta omejena porazdelitev naredi vrste bolj ranljive za vplive izgube habitata in drugih groženj.
Plening in konkurenca:Uvedeni plenilci, kot so divje mačke in lisice, predstavljajo veliko grožnjo puščavskemu Bandicootu. Ti plenilci imajo uničujoč vpliv na domače avstralske vrste, puščavski Bandicoot pa ni izjema. Poleg tega lahko konkurenca za hrano in vire z uvedenimi rastlinojedi, kot so zajci in kamele, vpliva na preživetje in reproduktivni uspeh Desert Bandicoot.
Prizadevanja za ohranjanje:Kljub izzivom si prizadevajo za zaščito puščavskega Bandicoota in njegovega habitata. Sem spadajo vzpostavitev zaščitenih območij, izvajanje programov za nadzor plenilcev in izvajanje projektov za obnovo habitatov. Programi za angažiranje in izobraževanje v skupnosti so pomembni tudi pri ozaveščanju o pomenu te edinstvene vrste in podpori njenemu ohranjanju.
Ocene populacije se razlikujejo glede na določeno raziskovalno področje in uporabljeno metodologijo. Nekatere ocene kažejo, da bi lahko populacija puščavskih bandicoot gibala od nekaj sto posameznikov do nekaj tisoč. Pomembno pa je opozoriti, da te ocene morda niso reprezentativne za celoten obseg vrst in bi se lahko med regijami bistveno razlikovale.
Mednarodna unija za ohranjanje narave (IUCN) je zaradi nenehnih izzivov in izgube habitata naštela kot "ranljiva". Prizadevanja za ohranjanje so ključnega pomena za zagotovitev dolgoročnega preživetja tega edinstvenega in ogroženega avstralskega marsupiala.