- Podnebne spremembe :Podnebje med miocenskimi in pliocenskimi epohami, ko so megaladoni uspevali, je bilo veliko toplejše kot danes. Ko se je podnebje ohladilo med pliocenskimi in pleistocenskimi epohami, so oceani postali hladnejši, megalodonski prednostni plen, kot so kiti in tjulnji, pa se je premaknil v toplejše vode. Zaradi tega je Megalodon izgubil svoj vir hrane in sčasoma izumrl.
- Tekmovanje :Megalodon je bil največji morski pes, ki je kdajkoli živel, vendar med miocenskimi in pliocenskimi epohami ni bil edini orjaški morski pes v oceanu. Drugi veliki morski psi, kot sta Veliki beli morski pes in Tiger Shark, so morda tekmovali z Megalodonom za hrano in vire in so morda prispevali k njegovemu izumrtju.
- Huding :Nekateri znanstveniki verjamejo, da so ljudje morda prispevali k izumrtju megalodona. Ljudje so med pleistocensko epoho začeli loviti kite in druge velike morske sesalce, kar je morda zmanjšalo megalodonovo preskrbo s hrano. Poleg tega so ljudje morda neposredno lovili megaladone za hrano ali ker so jih videli kot grožnjo.
- Kombinacija faktorjev :Verjetno je kombinacija dejavnikov, kot so podnebne spremembe, konkurenca in lov na ljudi, prispevala k izumrtju megalodona.
Megaladons je izumrl pred približno 2,6 milijona let.