1. Sladko vodo: Običajno jih najdemo v sladkovodnih habitatih, kot so jezera, ribniki in reke. Lahko uspevajo tako v stoječih kot v tekočih vodnih telesih.
2. morska okolja: Nekateri chaonoflagelati najdemo v morskih okoljih, vključno z obalnimi vodami in odprtimi oceani. Najdemo jih lahko na različnih globinah, od plitvih obalnih območij do globokih oceanskih voda.
3. Tla: Nekatere vrste chaonoflagelate je mogoče najti v vlažnih tleh in kopenskih okoljih. Lahko naseljujejo pore tal in mikrohabitate, bogate z organsko snovjo in vlago.
4. Simbiotske odnose: Nekateri chaonoflagelati tvorijo simbiotske odnose z drugimi organizmi. Na primer, nekatere vrste živijo v povezavi z morskimi nevretenčarji, kot so gobice ali korale, kjer prispevajo k gostiteljeve hranilne snovi in obrambi.
5. Ekstremna okolja: Nekateri chaonoflagelati so se prilagodili preživetju v ekstremnih okoljih, kot so vroči izviri, kisle vode ali okolja z visoko koncentracijo soli. Izkazujejo edinstvene prilagoditve, ki jim omogočajo, da uspevajo v teh zahtevnih pogojih.
Specifična habitatna prednost določene vrste chaonoflagelata je odvisna od njegovih fizioloških prilagoditev in ekoloških potreb. Ti organizmi zasedajo raznolike habitate, od sladkovodnih ekosistemov do morskih okolij in celo kopenskih nastavitev.