- Izguba habitata :Primarni habitat pritlikavega zajca so stepe s čemažem in brinovi gozdovi, ki se hitro spreminjajo v poljedelstvo in bivanje. Ta izguba življenjskega prostora je razdrobila populacijo malega kunca, zaradi česar je bolj ranljiv za plenilstvo in bolezni.
- Plenjenje :Pritlikave zajce plenijo različni plenilci, vključno s kojoti, lisicami, jazbeci in pticami ujedami. Ker je življenjski prostor malega zajca razdrobljen, plenilci lažje dostopajo do njih in jih ubijejo.
- Konkurenca :Mali zajci tekmujejo z drugimi malimi sesalci, kot so pike in voluharji, za hrano in zatočišče. To tekmovanje lahko omeji sposobnost malega zajca za preživetje in razmnoževanje.
- Bolezen :Mali kunci so dovzetni za različne bolezni, vključno s tularemijo, kugo in kokcidiozo. Te bolezni se lahko hitro razširijo med prebivalstvom in povzročijo splošno smrtnost.
- Podnebne spremembe :Podnebne spremembe ogrožajo tudi malega zajca. V stepah s čemažem in brinovim gozdom naj bi se povišale temperature in zmanjšale padavine, zaradi česar bo mali kunec težje preživel.
Zaradi teh groženj velja mali zajec za enega najbolj ogroženih sesalcev v Severni Ameriki. Prizadevanja za ohranitev potekajo za zaščito malega zajca in njegovega habitata, vključno z obnovo habitata, nadzorom plenilcev in obvladovanjem bolezni.