Lov: Zajca Lower Keys so nekoč lovili zaradi hrane in krzna, in čeprav je zdaj uradno zaščiten, se nekaj nezakonitega lova še vedno dogaja.
Bolezen: Zajec Lower Keys je dovzeten za različne bolezni, vključno s tularemijo, ki je bakterijska bolezen, ki je za kunce lahko usodna. Tularemijo širijo klopi, habitat kuncev Lower Keys pa je dom številnim klopom.
Plenjenje: Zajca Lower Keys plenijo različne živali, vključno s kačami, sovami in jastrebi. Uvedba tujerodnih plenilcev, kot so mačke, je prav tako prispevala k upadu zajcev Lower Keys.
Podnebne spremembe: Podnebne spremembe so tudi velika grožnja za kunce Lower Keys. Naraščajoča morska gladina preplavi zajčji življenjski prostor, bolj ekstremni vremenski pojavi, kot so orkani, pa mu uničijo hrano in zatočišče.