* Protozoa :Protozoa so raznolika skupina enoceličnih organizmov, ki jih najdemo v vseh vrstah habitatov, vključno z zemljo, vodo in celo človeškim telesom. Nahranijo se z drugimi mikroorganizmi in igrajo pomembno vlogo v prehranski verigi. Nekateri pogosti primeri mikroskopskih protozojev vključujejo amebe, paramecia in Euglena.
* Bakterije :Bakterije so enocelični mikroorganizmi, ki jih najdemo v skoraj vsakem okolju na Zemlji. Na voljo so v najrazličnejših oblikah in velikostih in igrajo ključno vlogo pri razpadu organske snovi, fiksacije dušika in proizvodnji kisika. Nekateri pogosti primeri mikroskopskih bakterij vključujejo E. coli, Bacillus subtilis in Staphylococcus aureus.
* Glive :Glive vključujejo kvas, plesni in mesnate glive. Nekatere mikroskopske glive vključujejo Aspergillus, Penicillium in Candida.
* mikroinvertebrate :Mikroinvertebrani so mikroskopske živali, ki vključujejo rotifere, ogorčice in tardigrade.
* plankton :Plankton je raznolika skupina mikroskopskih organizmov, ki živijo v vodi. Nekaj primerov planktona vključuje diatome, dinoflagelate in copepode.