Megalodon se ni "oblikoval" v smislu, da je bil umetno ustvarjen. To je bila naravno razvita vrsta morskega psa, ki se je v svojem času razvila in uspevala. Tako kot pri vseh drugih vrstah so se obstoj in značilnosti megalodona oblikovali s procesi naravne selekcije in prilagajanja okolju v milijonih let.
Megalodon se je razvil iz manjših prednikov v rodu Otodus. Sčasoma so nekatere vrste znotraj te linije doživele koristne genetske mutacije, ki so jim omogočile, da so zrasle v velikosti in razvile močnejše čeljusti in zobe, kar je povzročilo nastanek Megalodona. Razpoložljivost obilnega plena in okoljske razmere v miocenski in pliocenski dobi so prav tako prispevale k uspehu in prevladi megalodona v njegovem ekosistemu.