Ko morski pes diha, odpre usta in vzame vodo. Voda prehaja čez škrge, kisik v vodi pa krvne žile absorbirajo v nitkah. Voda nato skozi svoje spirale izstopi iz telesa morskega psa, ki so majhne odprtine, ki se nahajajo za očmi.
Morski psi se morajo še naprej premikati, da dihajo. To je zato, ker je treba vodo, ki teče čez njihove škrge, oksigenirati. Če se morski pes neha premikati, bo voda okoli nje postala deoksigenirana in morski pes bo zadušil.
Nekateri morski psi, na primer Veliki beli morski pes, imajo poseben organ, imenovan Ram Jet. Ram curek pomaga morskemu morske pse, da diha tako, da prisili vodo čez škrge. To omogoča, da morski pes plava z visokimi hitrostmi, ne da bi se moral nehati dihati.