1. Črevesje: Salmonela se predvsem kolonizira in razmnožuje v prebavilih, zlasti v črevesju. Bakterije se lahko hitro razmnožujejo v tankem črevesu, kar povzroča vnetje in s tem povezane simptome, kot so driska, bolečine v trebuhu, zvišana telesna temperatura in slabost.
2. Mezenterične bezgavke: Kot del imunskega odziva telesa lahko salmonela vdre v mezenterične bezgavke, ki se nahajajo v bližini črevesja. V teh bezgavkah se lahko bakterije razmnožujejo in povzročajo vnetje.
3. Jetra in vranica: V hujših primerih, zlasti pri invazivni netifusni salmoneli (iNTS), se lahko bakterije razširijo po krvnem obtoku in dosežejo jetra in vranico. Tu se salmonela lahko razmnožuje v tkivih in Kupfferjevih celicah jeter ter makrofagih vranice.
4. Žolčnik: Pri posameznikih z osnovnimi boleznimi, kot so žolčni kamni ali žolčne nepravilnosti, lahko salmonela kolonizira žolčnik in se razmnožuje v žolču. To lahko povzroči vnetje žolčnika (holecistitis).
5. Druga spletna mesta: V redkih primerih lahko pride do diseminirane bolezni, ki omogoči širjenje salmonele v druge organe in tkiva zunaj prebavil, kot so krvni obtok (bakteriemija), kosti, sklepi, možganske ovojnice in srčne zaklopke. Nato lahko na teh okuženih mestih pride do razmnoževanja.