Sploh ni priporočljivo uporabljati čistila za alge. Če rezervoar redno čistite in je v njem le malo madežev alg, je ročno čiščenje madežev z zobno ščetko ali strgalom za alge učinkovit način za odstranjevanje madežev. Če je v rezervoarju zaradi redkega čiščenja veliko madežev z algami, razmislite o pogostejšem čiščenju rezervoarja.
Čistila iz alg so lahko škodljiva za ribe in druge prebivalce akvarija, pa tudi za koristne bakterije, ki živijo v filtru. Če alge postanejo problem, je najbolje, da jih poskusite odstraniti tako, da zmanjšate količino svetlobe, ki jo prejme akvarij, povečate kroženje vode in/ali dodate nekaj rib ali nevretenčarjev, ki jedo alge.