- Visoka začetna naložba: Postavitev hidroponičnega sistema je lahko draga zaradi opreme in materialov. Sčasoma se lahko povečajo tudi stroški rastnega medija, hranil in osvetlitve.
- Tehnično znanje in strokovnost: Za delovanje in vzdrževanje hidroponskih sistemov je potrebna določena raven tehničnega znanja in izkušenj. Pridelovalci morajo razumeti prehrano rastlin, kakovost vode, osvetlitev in druge okoljske dejavnike, da bi uspeli s hidroponiko.
- Stalno spremljanje in vzdrževanje: Hidroponski sistemi potrebujejo stalno spremljanje in vzdrževanje, da se zagotovijo optimalni pogoji za rast rastlin. To med drugim vključuje spremljanje ravni vode, pH, koncentracije hranil in temperature.
- Dovzetnost za izpad električne energije: Hidroponski sistemi se za napajanje luči, črpalk in druge opreme zanašajo na elektriko. Izpadi električne energije lahko motijo sistem in povzročijo škodo ali izgubo pridelka, če jih ne obravnavamo takoj.
- Povečano tveganje za bolezen: Hidroponski sistemi lahko ustvarijo okolje, ki je ugodno za rast rastlinskih patogenov zaradi visoke koncentracije hranil in neposredne bližine rastlin. Obvladovanje bolezni in škodljivcev v hidroponskem sistemu zahteva posebno pozornost higienskim in preventivnim ukrepom.
- Omejena raznolikost pridelkov: Nekateri hidroponski sistemi so zasnovani za posebne pridelke ali vrste rastlin, kar lahko omeji raznolikost pridelkov, ki jih je mogoče gojiti.
Na splošno, medtem ko hidroponski sistemi ponujajo več prednosti, imajo tudi svoje slabosti in izzive, ki jih je treba skrbno pretehtati, preden investirate v takšen sistem in ga upravljate.