Čeprav so antibiotiki bistveni za zdravljenje okužb, lahko njihova prekomerna in napačna uporaba povzročita nastanek bakterij, odpornih na antibiotike, zaradi česar je pogoste okužbe težje zdraviti. Pri uporabi v živinoreji lahko antibiotiki vstopijo v okolje prek živalskih odpadkov, kar potencialno izpostavi bakterije v okolju tem zdravilom in prispeva k razvoju odpornosti.
Odpornost na antibiotike je naraven proces, vendar so človeške dejavnosti, kot je široka uporaba antibiotikov v živinoreji, pospešile razvoj in širjenje na antibiotike odpornih bakterij. Z zmanjšanjem nepotrebne uporabe antibiotikov pri živalih in izvajanjem dobrih praks upravljanja z antibiotiki lahko pomagamo upočasniti pojav odpornosti na antibiotike in ohraniti učinkovitost teh osnovnih zdravil.
Uporaba antibiotikov na rastlinah, na primer škropljenje sadja in zelenjave, na splošno ni potrebna in lahko prispeva tudi k odpornosti na antibiotike. Namesto tega je treba dati prednost dobrim kmetijskim praksam, ustreznim sanitarnim razmeram in metodam ravnanja po žetvi, da se zagotovi varnost hrane.