Galapaški pingvini so endemični za Galapaške otoke, zaradi česar so geografsko izolirani od drugih vrst pingvinov in so za preživetje odvisni od edinstvenega ekosistema otočja. Njihova populacija je sorazmerno majhna, ocenjujejo, da je preostalih 1200–2000 osebkov. Ta omejena velikost populacije jih naredi bolj dovzetne za različne grožnje in okoljske spremembe.
2. Izguba in degradacija habitata
Otoki Galápagos so priljubljena ekoturistična destinacija, vse večja prisotnost ljudi pa je povzročila izgubo in degradacijo habitata. Gradnja turističnih objektov, vnos invazivnih vrst, povečano onesnaženje in motnje zaradi človekovih dejavnosti so negativno vplivali na gnezdišča in prehranjevala pingvinov.
3. Podnebne spremembe
Otoki Galápagos so zelo občutljivi na podnebne spremembe, saj se soočajo z dvigom morske gladine, spremembami v oceanskih tokovih ter povečano pogostnostjo in intenzivnostjo ekstremnih vremenskih pojavov. Te spremembe porušijo občutljivo ravnovesje morskega ekosistema in vplivajo na razpoložljivost virov hrane, kot so ribe in kril, od katerih so pingvini odvisni. Segrevanje oceanov lahko tudi neposredno povzroči stres pingvinom in vpliva na njihov reproduktivni uspeh.
4. Prelov in konkurenca
Prekomerni ribolov majhnih pelagičnih rib, ki so glavni plen galapaških pingvinov, zmanjšuje količino hrane, ki jim je na voljo. Poleg tega lahko tekmovanje za vire hrane z drugimi morskimi plenilci, kot so morski levi in večje vrste rib, še dodatno omeji dostop pingvinov do preživetja.
5. Bolezni in paraziti
Galapaški pingvini so dovzetni za različne bolezni in parazite, vključno s ptičjimi kozami, ptičjo malarijo in črevesnimi paraziti. Te bolezni se lahko hitro razširijo v populaciji pingvinov in povzročijo visoko stopnjo umrljivosti, zlasti med piščanci in mladicami.
6. Plenilstvo
Naselitev tujerodnih plenilcev, kot so mačke, podgane in psi, na Galápaške otoke je predstavljala veliko grožnjo za pingvine. Ti plenilci plenijo pingvinjeva jajca, piščance in celo odrasle pingvine, kar prispeva k upadanju njihove populacije.