Temeljna značilnost, ki se uporablja za razvrščanje organizmov v različna kraljestva, je temeljna narava njihove osnovne celične strukture. Klasifikacijski sistemi razlikujejo med prokariotskimi in evkariontskimi organizmi na podlagi tega, ali imajo membransko vezano jedro in druge organele, ki so bile zaprte na membrano. V skladu s tem se delitev v kraljestva vrti okoli te kritične organizacijske značilnosti.