Hashimotov tiroiditis je pogosto povezan s povišanimi ravnmi imunoglobulinov, zlasti protiteles proti tiroglobulinu in protiteles proti tiroidni peroksidazi. Ta protitelesa so usmerjena proti sestavnim beljakovinam ščitnice. Njihovo zvišanje kaže na avtoimunski odziv na ščitnico, kar povzroči kronično vnetje, znano kot Hashimotov tiroiditis.