Po drugi strani je čiščenje habitata popolna odstranitev habitata, običajno za pretvorbo zemlje v drugo uporabo, kot sta kmetijstvo ali razvoj. Medtem ko se lahko razdrobljenost habitata pojavi kot posledica čiščenja habitata, oba izraza nista sinonimna.
Razdrobljenost habitata ima lahko številne negativne učinke na biotsko raznovrstnost in delovanje ekosistema. Na primer, lahko zmanjša količino razpoložljivega habitata za vrste, kar lahko privede do upada populacije. Prav tako lahko poveča tveganje za inbreeding in druge genetske težave. Poleg tega lahko fragmentacija habitata moti gibanje vrst in jim prepreči dostop do pomembnih virov, kot so hrana, voda in prijatelji.
Razdrobljenost habitata ima lahko tudi številne negativne učinke na funkcijo ekosistema. Na primer, lahko privede do sprememb v sestavi rastlinskih in živalskih skupnosti, kar lahko moti prehransko verigo in druge ekološke interakcije. Prav tako lahko poveča tveganje za erozijo in druge oblike degradacije okolja.
Čiščenje habitatov je glavni vzrok za razdrobljenost habitatov, vendar ni edini. Druge človeške dejavnosti, ki lahko privedejo do razdrobljenosti habitatov, vključujejo rudarjenje, gradnjo cest in onesnaževanje.
Razdrobljenost habitata je resna grožnja biotski raznovrstnosti in funkciji ekosistema. Pomembno je sprejeti ukrepe za ublažitev njegovih učinkov z zaščito obstoječega habitata in obnovo razdrobljenega habitata.