Čeprav trenutno ne šteje za ogroženo, njihovo prebivalstvo upada zaradi več groženj, vključno z:
* Izguba in razdrobljenost habitata: Krčenje gozdov in pretvorba zemljišč za kmetijstvo in razvoj se krči njihov habitat.
* lov in lov: Jaguarji lovijo zaradi svojega krzna, telesnih delov, ki se uporabljajo v tradicionalni medicini, včasih pa zaradi strahu ali maščevanja.
* Human-Wildlife konflikt: Ko raste človeška populacija, je med Jaguarji in ljudmi več srečanj, kar vodi v konflikte in včasih ubijanje Jaguarjev.
Pomembno je opozoriti, da so Jaguarjeve populacije zelo spremenljive v svojem območju , z nekaterimi območji, ki imajo veliko nižje številke kot druga. Nekatere populacije so kritično ogrožene, zaradi česar so prizadevanja za ohranjanje ključna.