Jaguarji imajo raje gosto vegetacijo z dostopom do vodnih virov, saj so spretni plavalci in pogosto lovijo in pijejo v bližini vodnih teles. Vzpostavijo domače območje, ki se razlikujejo po velikosti, odvisno od razpoložljivosti plena, vendar lahko moški pokrivajo nekaj sto kvadratnih kilometrov.
Jaguarji v svojih habitatih igrajo ključne ekološke vloge kot vrhunske plenilce, kar pomaga ohranjati ravnovesje ekosistema z uravnavanjem populacije plena. So samotne živali in pogosto zasedajo habitate z raznolikimi vrstami plena, kot so jeleni, pekari, kapabare, tapirji in številni drugi.
Prizadevanja za ohranjanje jaguarjev vključujejo ohranjanje in zaščito njihovih habitatov, da bi zagotovili dolgoročno preživetje teh veličastnih in ekološko pomembnih mačjih plenilcev.