* Koža: Koža je dom različnim mikroorganizmom, vključno z bakterijami, glivami in virusi. Ti mikrobi pomagajo zaščititi kožo pred okužbami in poškodbami, igrajo pa tudi vlogo pri uravnavanju temperature in vlažnosti kože.
* Dihalni trakt: Dihalni trakt je obložen s sluzjo, ki ujame mikroorganizme in jim prepreči vstop v pljuča. Nekateri mikroorganizmi pa lahko še vedno preidejo skozi sluz in povzročijo okužbe, kot sta pljučnica in bronhitis.
* Prebavni trakt: Prebavni trakt je dom velikemu številu mikroorganizmov, vključno z bakterijami, glivami in protozoji. Ti mikrobi pomagajo prebavljati hrano, absorbirati hranila in proizvajati vitamine. Imajo tudi vlogo pri zaščiti prebavnega trakta pred okužbo.
* Urogenitalni trakt: Urogenitalni trakt je dom različnim mikroorganizmom, vključno z bakterijami, glivami in virusi. Ti mikrobi lahko povzročijo okužbe, kot so okužbe sečil in spolno prenosljive bolezni.
* Kri: Kri je običajno sterilna, vendar se lahko okuži z mikroorganizmi, če pride do poškodbe kože ali če se izvaja medicinski poseg.
Pri govedu:
* Rumen: Vamp je velik mešičast organ v kravjem želodcu. Je dom velike populacije mikroorganizmov, vključno z bakterijami, glivami in protozoji. Ti mikrobi pomagajo razgraditi rastlinski material in ga pretvoriti v hranila, ki jih lahko absorbira krava.
* Retikulum: Retikulum je majhen satovju podoben organ, ki se nahaja poleg vampa. Vsebuje tudi veliko populacijo mikroorganizmov, ki pomagajo pri razgradnji rastlinskega materiala.
* Omasum: Omasum je tretji del želodca, ki je odgovoren za absorpcijo vode in hranil iz prebavnega trakta. Vsebuje tudi populacijo mikroorganizmov, vendar ne toliko kot vamp in retikulum.
* Abomasum: Abomasum je pravi želodec krave. Izloča prebavne encime, ki razgrajujejo beljakovine in maščobe. Ne vsebuje veliko mikroorganizmov.
* Črevesje: Črevesje je odgovorno za absorpcijo hranil iz prebavnega trakta. Vsebujejo tudi populacijo mikroorganizmov, ki pomagajo razgraditi hranila in proizvajati vitamine.
* Iztrebki: Iztrebki so odpadni produkti prebave. Vsebujejo veliko število mikroorganizmov, vključno z bakterijami, glivami in protozoji.