Pantanal je dom raznolikim vrstam ptic, vključno z:
* Hijacint ara
* Škrlatna ara
* Velika čaplja
* Jabiru štorklja
* Rožnata žličarka
* Zelenokrila ara
* Toco tucan
* Brazilski rogelj
* Česasta raca
Sesalci
V Pantanalu je mogoče najti veliko različnih sesalcev, kot so:
* Orjaški armadilo
* Grivasti volk
* Chacoan pecary
* Pampaški jelen
* Jaguar
* Ocelot
* Severna tigrasta mačka
* močvirski jelen
* Kapibara
Plazilci in dvoživke
Različni plazilci in dvoživke prav tako naseljujejo Pantanal, vključno z:
* Zelena anakonda
* Črni kajman
* Yacare caiman
* Kajman z očali
* Brazilska orjaška želva
* Rdečenoga želva
* Navadna želva
* Zlata strupena žaba
* Rdečeoka drevesna žaba
Ribe
Pantanal je dom več kot 260 vrstam rib, vključno z:
* Rdečetrebuha piranha
* Črna piranha
* Payara
* Arapaima
* Tambaqui
* Pacu
* Som
* Characins
* Cihlidi