Iz želodca se Čim premakne v tanko črevo, ki je najdaljši in najbolj zapleten del prebavnega sistema. Tu se večina absorpcije hranil poteka, ko se chime pomeša s prebavnimi encimi, ki jih proizvaja trebušna slinavka, kot so amilaza, lipaza in proteaza ter žolč, ki ga proizvajajo jetra. Ti encimi razgradijo zapletene ogljikove hidrate, maščobe in beljakovine na preproste sladkorje, maščobne kisline in aminokisline. Stene tankega črevesa vsebujejo drobne, prstne projekcije, imenovane vili, ki povečujejo površino za absorpcijo hranil.
Nedišeni material, ki je ostal po absorpciji hranil, se premakne v debelo črevo, ki je sestavljena iz debelega črevesa in rektuma. Debelo črevo absorbira vodo in elektroliti, ki preostalega čima pretvori v trdne odpadke. Rektum shrani trdne odpadke, dokler jih med postopkom defekacije ne moremo izločiti iz telesa skozi anus.