- Kraljevi pingvini :Otok MacQuarie je dom največje populacije kraljevih pingvinov na svetu z več kot 1 milijonom gnezdečih parov. Te pingvine je mogoče videti na številnih plažah in skalnatih obalah otoka.
- Kraljevi pingvini :Kraljevi pingvini se nahajajo tudi na otoku MacQuarie, vendar v veliko manjšem številu kot kraljevi pingvini. Najdemo jih v kolonijah na severnem koncu otoka.
-Gentoo pingvini :Gentoo pingvini so najmanjši od treh vrst pingvinov, najdenih na otoku MacQuarie. Videti jih je mogoče na otoških plažah in skalnatih obalah, vendar so manj pogosti kot kraljevi in kraljevi pingvini.
-Cesarski pingvini :Čeprav so cesarski pingvini večinoma na Antarktiki, majhna populacija gnezdi na otoku Macquarie. So največji med vrstami pingvinov in jih je v zimskih mesecih mogoče videti na ledenih ploščah otoka.
Poleg domorodnih vrst je na otoku MacQuarie tudi več vnesenih vrst, kot so:
-Zajci :Zajce so na otok prinesli v 18. stoletju lovci na tjulnje in kitolovce. Od takrat so postali škodljivci, saj tekmujejo z avtohtonimi divjimi živalmi za hrano in življenjski prostor.
-Mačke :Mačke so na otok pripeljali tudi lovci na tjulnje in kitolovce. Postali so tudi škodljivci, saj plenijo domorodne divje živali.
-Miške :Miši so se na otok pripeljale po naključju na ladjah. Od takrat so postali škodljivci, saj tekmujejo z avtohtonimi divjimi živalmi za hrano in življenjski prostor.
-Podgane :Podgane so na otok prišle po naključju na ladjah. Od takrat so postali škodljivci, saj tekmujejo z avtohtonimi divjimi živalmi za hrano in življenjski prostor.
Vnesene vrste na otok MacQuarie predstavljajo veliko grožnjo domorodnemu živalskemu svetu otoka. Vlada si prizadeva za nadzor te populacije in zaščito edinstvenega ekosistema otoka.