1. Genetski izvor:
Klonirana žival je genetsko identična donorski celici, ki ji daje jedro. To pomeni, da klonirana žival nosi popolnoma enake genetske informacije kot prvotni darovalec. V nasprotju s tem spolno proizvedene živali podedujejo genetski material od obeh staršev prek zlitja gamet (jajčeca in sperme), kar vodi do genetske raznolikosti in mešanja lastnosti.
2. Mitohondrijska DNA (mtDNA):
Med SCNT se običajno uporabi citoplazma prejemnikovega jajčeca, vključno z njegovimi mitohondriji. Posledica tega je, da ima klonirana žival mitohondrijsko DNK darovalca jajčeca in ne darovalca jedra somatske celice. Vendar so bile v nekaterih primerih razvite metode za ohranitev mitohondrijske DNK somatske celice, kar pomeni, da ima lahko klonirana žival mtDNK tako darovalca jajčeca kot darovalca jedra somatske celice. Spolno razmnožene živali pa podedujejo mtDNK izključno po materi, saj se nahaja le v jajčecu.
3. Epigenetske spremembe:
Epigenetske modifikacije so kemične spremembe DNK, ki vplivajo na izražanje genov, ne da bi spremenili samo zaporedje DNK. SCNT lahko vodi do sprememb v epigenetskih vzorcih, ko je jedro somatske celice reprogramirano tako, da se obnaša kot embrionalno jedro. To lahko povzroči razlike v izražanju genov in potencialno fenotipske variacije med kloniranimi živalmi in njihovimi genetskimi primerki, proizvedenimi s spolnim razmnoževanjem. Na epigenetske spremembe lahko vplivajo tudi dejavniki, kot sta starost in vrsta celice darovalca, pa tudi okolje prejemnega jajčeca.
4. Razvojne nepravilnosti:
V nekaterih primerih lahko klonirane živali doživijo razvojne nepravilnosti ali zdravstvene težave zaradi izzivov pri reprogramiranju ali motenj med postopkom kloniranja. Te nepravilnosti lahko segajo od manjših telesnih okvar do večjih zdravstvenih zapletov, vključno s povečano dovzetnostjo za določene bolezni ali zmanjšano plodnostjo.
Pomembno je omeniti, da tehnologija in tehnike, ki se uporabljajo pri kloniranju, nenehno napredujejo in raziskovalci še naprej optimizirajo proces, da bi zmanjšali te razlike in zagotovili dobro počutje in zdravje kloniranih živali.