Izguba in degradacija habitata :Sejšelski netopir se za prenočišče in iskanje hrane zanaša na naravne gozdne habitate. Krčenje gozdov za kmetijstvo, sečnjo in razvoj je povzročilo razdrobljenost in zmanjšanje teh gozdov, kar je znatno zmanjšalo razpoložljivi habitat za to vrsto.
Lov in past :Sejšelskega netopirja občasno lovijo za hrano ali uporabljajo v tradicionalni medicini. Poleg tega se lahko ujamejo v mreže, nastavljene za druge živali.
Uvedeni plenilci :Naselitev tujerodnih plenilcev, kot so podgane, mačke in mungosi, je prav tako prispevala k upadu sejšelskega netopirja. Ti plenilci plenijo netopirje, njihove mladiče in njihova zatočišča.
Majhna populacija in genetska ranljivost :Sejšelski netopir ima majhno populacijo in je zelo lokaliziran, zaradi česar je bolj dovzeten za vplive izgube habitata, lova in plenjenja. Majhna velikost populacije omejuje tudi gensko raznovrstnost, povečuje tveganje za parjenje v sorodstvu in zmanjšuje sposobnost prilagajanja vrste spreminjajočim se okoljskim razmeram.
Podnebne spremembe :Spreminjajoči se podnebni vzorci, kot so povišane temperature in spremenjene padavine, lahko vplivajo na razpoložljivost hrane in prenočišča, kar še poslabša izzive, s katerimi se sooča sejšelski netopir.
Prizadevanja za ohranitev se nadaljujejo za zaščito sejšelskega netopirja in njegovega habitata, vključno z vzpostavitvijo zaščitenih območij, obnovo habitatov in ukrepi za nadzor plenilcev. Vendar pa je vrsta še vedno kritično ogrožena in zahteva stalno spremljanje in ohranitvene posege za zagotovitev njenega dolgoročnega preživetja.