Znanstveno ime za kljunaša je Ornithorhynchus anatinus. Ime rodu, Ornithorhynchus, izhaja iz grških besed ὀρνις (ornis), kar pomeni "ptica", in ῥύγχος (rhynchos), kar pomeni "kljun", kar se nanaša na edinstven račji kljun, podoben kljunu. Ime vrste, anatinus, izhaja iz latinske besede anas, kar pomeni "raca", kar se spet nanaša na podobnost kljunaša z raco.
Zato je kljunar na podlagi znanstvenega imena razvrščen kot član družine Ornithorhynchidae. Družina Ornithorhynchidae velja tudi za edino obstoječo družino v redu sesalcev Monotremata, zaradi česar je kljunasta ehidna poleg dolgokljune (Zaglossus) in kratkokljune (Tachyglossus) ehidne.